La Asamblea de la IkastoIa es el órgano de decisión superior de la Ikastola. Una vez al año, entre otras cosas, a parte de aprobar o rechazar las cuentas, se aprueban los ejes estratégicos de la Ikastola y se da cuenta de las labores realizadas durante el año natural. 

Tras la Asamblea General, el Consejo Rector es el órgano superior de la Ikastola, donde se toman las decisiones más importantes para el funcionamiento del centro. Al mismo tiempo, es el órgano de gobierno, gestión y representación de la Cooperativa. Su actividad se divide en las siguientes comisiones: relaciones con los alumnos, relaciones con el ayuntamiento, comisión de contratación, Hauspoa, convivencia, comisión deportiva, grupo de montaña, economía, medio ambiente, diseño del patio y auzolan. Estas comisiones trabajan separadamente y presentan lo hecho al Consejo Rector para que los acuerdos adoptados sean ratificados.

En esta comisión se fijan los criterios de contratación del personal de la Ikastola. También se decide como, cuando y bajo que criterios ordenar las bolsas de trabajo y hacer las convocatorias públicas de empleo. En esta comisión paritaria participan por igual los representantes de los padres (dos miembros de la Junta Rectora) y los representantes de los trabajadores (dos miembros de la asamblea de trabajadores) el director participa como asesor en la comisión. 

Esta comisión hace el seguimiento de la Eskola Kirola y de las actividades deportivas de la Ikastola. Mayormente se lleva a cabo los calendarios, la organización y la coordinación general de las actividades deportivas.  

Esta comisión es responsable de ir a las reuniones de Hauspoa y coordina la organización de las actividades culturales de la Ikastola.

Más o menos una vez cada tres meses los componentes de esta comisión (familias y profesores) se juntan con los alumnos para conocer las necesidades y recibir las sugerencias de los representantes de los alumnos.

Esta comisión no tiene periodicidad fija.

Los objetivos de dicha comisión son trabajar en la creación y desarrollo del plan de convivencia, tutoría e igualdad. Esta comisión propone medidas para analizar, diagnosticar y mejorar las normas de convivencia. Gestiona las necesidades y conflictos que surgen en el día a día y organiza acciones en el camino hacia una convivencia positiva.

Esta Comisión actúa como motor para el desarrollo del plan de normalización lingüística. Además, se organizan y coordinan diversos actos y proyectos que contribuyen a la normalización del euskara.

Cada tres meses esta comisión hace el seguimiento de la situación económica de la Ikastola.

El deber de la persona que asiste a estas reuniones es representar a la Ikastola en la Asamblea Territorial de Gipuzkoa de la Federación de Ikastolas de Euskal Herria y trasladar a la Ikastola sus decisiones, debates, propuestas y tareas.